Paul van der Wielen werkt sinds 2014 als principal microbioloog bij KWR Water Research Instituut in Nieuwegein, wat het onderzoeksinstituut is van de Nederlandse drinkwaterbedrijven. Hij is een microbieel ecoloog en zijn onderzoek focust zich op microbiologische acitviteit in man-made watersystemen, met als doel om de microbiologische waterkwaliteit in deze systemen op niveau te houden of te verbeteren. Sinds 2016 werkt hij één dag per week als gastonderzoeker bij de Moleculaire Ecologie groep van het Laboratorium van Microbiologie aan de Wageningen Universiteit & Research.